ерковь Св. Ованнеса-Мкртыча построена в 1710 году на высотах Конда, на месте разрушенной от землетрясения средневековой церкви. Расходы на ее строительство взял на себя состоятельный ереванец Мелик Агамал. Церковь Св. Ованнеса-Мкртыча, как и церкви позднего средневековья - Св. Погоса-Петроса, Св. Зоравор, Св. Катогике, принадлежит к типу трехнефных базилик с молельным залом и главным алтарем и двумя ризницами по обеим сторонам.
Архитектор Рафаель Исраелян в 1979 году вниманию Католикоса Вазгена Первого представил проект по фундаментальной реконструкции церкви. В 1980-ые годы сын Рафаела Исраеляна, архитектор Арег Исраелян, продолжил дело отца, и церковь подверглась полной реконструкции.
Был построен купол, внешние стены были облицованы туфом.
Большие работы были проделаны по реставрации интерьера. На западной стороны была построена галерея для хора, главный алтарь разукрашен барельефами. Позже была построена колокольня и учебно-воспитательный центр "Ованнес Козерн". В центре преподают английский язык, знакомят компьютерным навыкам, готовят художников-иконописцев.
